Im April 1943 geriet die Mühle erneut in Brand und wurde bis auf den Unterbau vernichtet. Wegen der Bedeutung der Mühle für die Versorgung der Bevölkerung wurde sie im gleichen Jahr wieder aufgebaut, jedoch nur als Motormühle mit einem flachen Dach. In den letzten Kriegstagen Ende April 1945 geriet Ditzum unter heftigen Beschuss. Infolgedessen brannten die Mühle, das Müllerhaus und die Scheine total aus.

Unter grossen Mühen wurde in den ersten Nachkriegsjahren die Mühle als Motormühle wieder in Betrieb genommen und bis zum Tod des Letzten Müllers Nilolaus Steen im Jahr 1986 betrieben. Durch das Dorferneuerungsprogramm des Landes Niedersachsen (Ditzum war Modelldorf) konnte die Gemeinde Jemgum das Anwesen erwerben. 1991 bargen Mitglieder des Mühlenvereins in Lehm gemauerte Steine aus alten Abbruchhäusern. Der steinerne Unterbau der Mühle wurde damit restauriert und erhöht, damit die neue Galerei über die Dächer der angrenzenden Häuser ragen konnte.

1992 wurde von einem Landungsboot der Bundesmarine im Rahmen einer Übung ein alter Mühlenachtkant aus Strübbel (Schleswig-Holstein) nach Ditzum überführt. Der Achtkant wurde vor Ort repariert und mit Schiefer gedeckt. Im September 1992 wurden der restaurierte Achtkant und die neu angefertigte Galerie auf den Mühlenstumpf aufgesetzt. Die neu angefertigten Teile (Königswelle, Kappe und Windrose wurden im Juni 1994 montiert. Es folgten die in den Niederlanden angefertigten Flügel. Nach ihrer Fertigstelling ist die heutige Mühle ein einzigartiges, technisches Denkmal aus alten und neuen Bauteilen.